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介绍短串联重复序列(shorttandemrepeats，STR)也被称为微卫星序列，占人类基因组的3%，分布在基因组各处。STR的大小不同，但通常被定义为长度为2-12个核苷酸序列的串联重复。一部分STR扩增与约30种不同的人类遗传病相关，其中一大部分可以导致不同形式的脊髓小脑共济失调，其他的重复扩增则导致亨廷顿舞蹈病（OMIM）、脆性X综合征（OMIM）或强直性肌营养不良（例如OMIM和OMIM）。二代测序(next-generationsequencing,NGS)在临床上有很大的诊断价值。在过去的几年中已经出现了一些利用短读长测序数据，主要是全基因组数据，检测STR的工具。尽管外显子组测序（ES）在常规诊断性基因检测中得到了广泛的应用，并且也有许多STR检测研究发表，但是在ES数据分析中没有将STR作为常规检测，也没有对从ES数据中检测STR的诊断潜力进行大规模评估。在这项研究中，作者评估了基于个样本医学外显子组的队列研究，检测罕见遗传病患者ES数据中的STR扩增。作者为在常规诊断性临床ES分析中实施STR检测工作流程提供了指导，并且作者展示了在个样本的医学外显子队列中，STR检测工作流程提高了ES诊断率。方法队列组成：整个ES队列共个样本，其中11个病人确定携带6个基因的致病性动态突变（表1）。个病人有怀疑为基因导致的运动障碍，作为运动障碍队列。这个队列中的病人只分析了与运动障碍相关的基因中的STR（表2）。个样本整体是一个分析的队列，作者分析了所有感兴趣的STR（表3）。这个队列中包含前面的运动障碍病人，且包括未受累的个体。STR的致病标准（动态突变的拷贝数阈值）根据既往文献确定。STR分析工具：STRetch,ExpansionHunter和GangSTRSTR确认：PCR和GeneScan;以及repeat-primed(RP)-PCR结果ExpansionHunter有最高的敏感度，检测到了11个已知致病动态突变中的10个（91%）,GangSTR的敏感度为73%，STRetch的敏感度为18%。因此后续的分析中均使用ExpansionHunter。运动障碍队列中STR系统分析在个运动障碍病人中，ExpansionHunter分析ES数据发现了91个异常STR，分别来自88个病人（3.0%）。人工确认对比图像排除了53个动态突变，剩下38个可能异常的STR拷贝长度。PCR或RP-PCT确认了其中13（34%）个异常动态突变的拷贝数。作者对人工确认对比图像排除的53个可能异常的STR也进行了确认，结果显示这些样本的拷贝数都在正常范围内。作者发现假阳性中存在STR侧翼序列质量较低，碱基对比错误高，测序深度低。因此在整个队列的分析过程中均进行了人工确认。整个队列中的STR异常作者对整个队列的个ES样本进行STR分析，在个样本（2.9%）中发现了个异常动态突变。经过严格人工确认剩余个样本（0.4%）中的个动态突变。PCR或RP-PCT确认了其中93个动态突变（56%）。在这93个经过验证的动态突变中，48个超过了致病阈值，45个处于前突变区间。确认STR事件的诊断意义运动障碍队列的名病人中有13名被ExpansionHunter检测到了异常动态突变且经过了PCR或RP-PCR验证。其中1个动态突变位于ATXN1,4个位于ATXN4,3个位于ATXN7,2个位于HTT,2个位于NOP56，1个位于PPP2R2B，分别导致脊髓小脑攻击失调1型，3型，7型，36型，12型和亨廷顿舞蹈病。考虑到队列中不同的表型和遗传组成，作者评估了遗传发现是否与患者的表型相符。在13个样本中，有7个样本的基因型与表型一致，可以做出基因诊断。其他6个扩增等位基因的基因型与临床表型描述不一致。在此基础上，作者估计这一组运动障碍患者的额外诊断率为0.2%（7/）（95%CI）[0.–0.45%]，贝叶斯二项检验）。讨论在这项研究中，作者系统分析了一个大临床ES数据集的STR。尽管ExpansionHunter获得了很好的诊断结果，但是作者也表明在分析流程中添加人工管理步骤对于降低假阳性率非常重要。运动障碍队列中异常STR致病的概率高于整个ES队列（0.5%vs0.2%）,这可能是因为ES队列中也包含未受累父母样本。此外，STR在运动障碍（主要是脊髓小脑共济失调）的病因中起重要作用。尽管如此，运动障碍队列的诊断率仅有0.2%，这可能是因为临床上对这组患者进行了针对动态突变的预筛选。张梦娜zmn