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全世界每年有超过一百万的儿童死于营养不良，但食物不是营养不良的唯一原因，小肠中微生物的组成也扮演了重要角色。

华盛顿大学的研究人员MichelleSmith及其同事对马拉维的对双胞胎进行了研究。已确认这些双胞胎中有一人发展成严重的恶性营养不良，此种疾病被称为夸休可尔症（kwashiorkor）。研究发现，这些营养不良的孩子同他们健康的双胞胎兄弟的微生物状态是不同的。

研究人员按照标准护理对患有该疾患的孩子及他们的双胞胎兄弟给予以花生为基础的治疗性食疗。研究揭示，随着时间的推移，严重营养不良的孩子有着不同的微生物概貌，而该微生物概貌在治疗过程中与营养状态良好的孩子的微生物概貌日趋相似。然而，当治疗停止时，其微生物组合会回复到较早前的状态。与微生物组成改变相伴的是代谢状态的变化。研究人员将每位健康及患病双胞胎的粪便菌群转移到无菌小鼠的体内，那些接受了夸休可尔症双胞胎肠道微菌群的小鼠同样出现了营养不良的症状。

华盛顿大学的研究人员MarkManary进行的另一项临床试验纳入了名马拉维儿童，这些儿童均接受治疗性饮食或者抗生素治疗。研究结果显示，在给予抗生素头孢地尼治疗的儿童中有4.1%死亡，那些接受安慰剂治疗的儿童有7.4%死亡。MichelleSmith领导的这项研究可以很好解释用抗生素治疗夸休可尔症有效的原因。